El Puerto de Coatzacoalcos ubicado en el Istmo de Tehuantepec, se crea por decreto Federal el 8 de octubre de 1825. la historia de su desarrollo se entrelaza con los principales acontecimientos que han influido con la configuración de la región. En 1858 se cubre por primera vez la ruta marítima Nueva Orleáns- Minatitlán por el buque Quaker City y, para 1896, dan inicio los trabajos de dragado de la barra y el canal de entrada al Puerto. 1905 marca el inicio de la construcción de muelles y bodegas.
Las obras portuarias de la época se relacionaron con otros proyectos de la región, igualmente importantes, como fueron la construcción del ferrocarril transístmico negociado desde 1857 y el establecimiento de la primera refinería en Minatitlán en 1906. Para 1908 ya se puede considerar a la zona Coatzacoalcos - Minatitlán, como un área económica privilegiada e identificada con actividades petroleras y comerciales fundamentalmente.
La Revolución Mexicana de 1910 y el inicio de operaciones del canal de Panamá en 1914, provocaron el descenso del intercambio comercial vía ferrocarril entre Coatzacoalcos y Salina Cruz. No obstante, Coatzacoalcos pudo mantener su nivel e importancia económica gracias al petróleo y a las actividades agrícolas. Posteriormente, una vez dirimido el conflicto armado e iniciada la etapa constructiva del nuevo régimen, destaca la inauguración del oleoducto Minatitlán - Salina Cruz y de la nueva refinería de Minatitlán en 1939 y en 1956, respectivamente, así como la construcción del primer muelle en la dársena de Pajaritos en 1968, todo ello a cargo de la empresa Petróleos Mexicanos.
En la década de los setenta, la misma empresa realiza su primer embarque de exportación de petróleo crudo (1974) y mediante la construcción de terminales especializadas de contenedores, se inicia el servicio multimodal transístmico entre los puertos de Coatzacoalcos y Salina Cruz en 1976.
En el decenio siguiente, destacan la reconstrucción de los muelles fiscales, la construcción del muelle No. 8 y la terminación de los complejos petroquímicos de la Cangrejera y Morelos.
En la última década del siglo se consignan, como hechos relevantes, la extinción de la empresa de Servicios Portuarios del Istmo de Tehuantepec S. A. De C. V., en 1993 y la creación de la Administración Portuaria Integral de Coatzacoalcos, S. A de C. V., el 25 de Julio de 1994.
Actualmente el Puerto se encuentra en 3er. lugar nacional en carga total, movilizando 28.7 millones de toneladas, esto incluyendo petróleo y derivados, respecto al manejo de la carga comercial actualmente se movilizan 5 Millones de toneladas, en el puerto-
Evolución del Puerto antes de la creación de las API.
1900 se construyen las escolleras del Puerto de Coatzacoalcos, con una longitud de 1,287 metros.
1942 se empezó la construcción del nuevo faro y de la casa anexa del guardafaro obra que se terminó en 1943 y fue inaugurado el 1 de junio del mismo año, precisamente cuando se celebró aquí el primer día de la Marina Nacional.
1972 por decreto Presidencial el 2 de marzo, se crea la entidad Servicios Portuarios del Istmo de Tehuantepec S. A. De C. V., para operar el Puerto de Coatzacoalcos.
1975 se efectúa la construcción de la terminal de Azufrera Panamericana, S. A. de C. V. y los silos de Cementos Anáhuac, S. A. de C. V.
1976 entra en operación el Servicio Multimodal Transístmico con la construcción de terminales especializadas para contenedores en Salina Cruz, Oaxaca y Coatzacoalcos, Ver.
1979 se inicia la construcción de las terminales especializadas para contenedores en Coatzacoalcos y Salina Cruz.
1980 se crea el organismo descentralizado Servicio Multimodal Transístmico.
1982 se pone en operación el Servicio Multimodal Transístmico a cargo de SPITSA.
1982 se reconstruyen los muelles fiscales; se construye el muelle 8 y se pavimentan los viaductos entre cada tramo de muelle, el embarcadero de Marina (3ª. Flotilla Sur) y de PEMEX, su muelle para tubería.
El 15 de octubre de 1982 fue inaugurado un nuevo faro, denominado oficialmente como Torre de control de Tráfico Marítimo, construido por la Subsecretaría de Puertos y Marina Mercante y la Dirección General de Señalamiento Marítimo, dependientes de la Secretaria de Comunicaciones y Transportes (SCT).
1983 el Puerto de Coatzacoalcos, adquirió la primera grúa de muelle para contenedores del país, así como equipo para el manejo de contenedores de patio, compuesto por grúas de marco, montacargas, tractocamiones, plataformas.
1985 para este año, el puerto cuenta ya con áreas de almacenamiento descubierto, 15 patios, 6 bodegas, 32 tanques y 2 silos alcanzando con ello una mejor eficiencia.
1989 por el errático volumen de carga contenerizada, Puertos Mexicanos moviliza la grúa y el equipo porta contenedores al puerto de Veracruz.
1993 se decreta la nueva Ley de Puertos. La extinción de la empresa de Servicios Portuarios del Istmo de Tehuantepec S. A. De C. V.
1993 entra en operación la empresa PROTEXA-BURLINGTON con la terminal de ferrobarcazas.
1994 creación de la Administración Portuaria Integral de Coatzacoalcos, S. A de C. V.